برادران در تلاش برای احیای او در هنگام مرگ تریشا از طاعون ، روش کیمیاگری ممنوع شده برای تغییر شکل انسان را انجام می دهند. در نتیجه ، تغییر شکل نتیجه معکوس می دهد و در قانون با تبادل مساوی ، پای چپ و کل بدن آلفونس ادوارد خراب می شود. ادوارد برای نجات روح آلفونس ، بازوی راست خود را از دست می دهد و با داشتن مهر و موم خون ، آن را به زره پوش می کند. روی موستانگ از ادوارد دعوت می کند که به روشی برای ترمیم بدن آلفونس تبدیل شود تا توسط کیمیاگر ایالتی مورد تحقیق قرار گیرد. ادوارد پیروز می شود ، و با توجه به اندام های مصنوعی خود ، پروتز کیمیاگر ، به این نام تبدیل می شود.
سه سال بعد ، الریک ها برای دستیابی به اهداف خود به دنبال سنگ فلسفی افسانه ای می گردند. ماركل یادداشت های خود را می فرستد تا توسط آنها پیدا شود ، اما آنها می دانند كه عامل اساسی ساختن سنگ ، فداكاری انسان است. دوست موستانگ ، مایس هیوز ، تحقیقات خود را ادامه می دهد ، اما به دلیل یافتن استراتژی های Homunculi با یک حسادت مبدل به ضرب گلوله کشته می شود.
الریک ها با دیدن ایزومی ، یاد گرفتند که تغییر شکل انسان توسط او بر روی کودک مرده اش انجام شده است. Greed homunculus Greed آلفونس را تسخیر می کند ، اما توسط رئیس پادشاه Amestris ، پادشاه بردلی نجات می یابد ، که نشان داده می شود به عنوان خشم خاکی عمل می کند. بنابراین حرص توسط پدر مبتکر Homunculi ذوب شده و دوباره جذب می شود. وینری و الریک ها به شهر مرکزی برمی گردند تا با هیوز به آنجا بروند اما از مرگ او مطلع می شوند. ستوان ماریا راس برای قتل هیوز در نظر گرفته شده است ، اما ظاهرا توسط موستانگ کشته می شود. با این حال ، ادوارد می فهمد که عزیمت راس به صحنه انجام شده است تا بتواند توسط موستانگ از ایالات متحده به زینگ قاچاق شود و توسط شاهزاده Xingese لینگ یائو کمک شود. هوهنهایم توسط ادوارد دوباره به هم پیوست اما او را به دلیل غیبت طولانی در محل اقامت تحقیر کرد.
با پیشرفت روایت ، قهرمانان داستان به طور مکرر با قهرمانان روبرو می شوند. موستانگ هوس را می کشد؛ موستانگ و لینگ شکم پرستی را تسخیر می کند ، اما در نهایت او حسادت را در پوچ خود ، و ادوارد ، شکم مانند لینگ مصرف می کند. گلوتنی ، آلفونس را به ملاقات پدر می برد ، اما وقتی دیگران از شکم پرخوری فرار می کنند ، لینگ درست به یک سکوت مخصوصاً جدیدترین آواتار Greed تبدیل می شود. الریکها برای ادامه تعقیب آزاد می شوند به شرطی که پدر با مخالفت آنها روبرو نشود.
ژنرال الیویه آرمسترانگ با یافتن یک تونل زیرزمینی در زیر بریگز ، پدر و الریک را پیدا کرده و در حال ایجاد یک گروه تغییر ملی است و قصد دارد به شهروندان خود اعطا کند تا بتواند به خداپرستی برسد. حرص و طمع بهبود می یابد خیانت پدر و خاطرات خود قبلی خود ، با هم تیمی پس از ، و ادوارد ، عوامل کیمرا از Kimblee Hohenheim. هوهنهایم به فرزندان خود فاش می کند که او فانی نیست ، و توسط پدر چهارصد سال قبل به یک سنگ فلسفه زنده تبدیل شده است.
روز وعده فرا می رسد و پدر خود را آماده می کند تا استراتژی خود را با گرفتگی و افرادی که سعی در تغییر و تبدیل انسان دارند ، آغاز کند. قهرمانان مختلف با انقضا تمام Homunculi با عوامل بزرگ پدر درگیری می کنند. به دنبال یک موستانگ اجباری ، و همچنین الریکز ، ایزومی ، هوهنهایم جمع می شوند زیرا علل پدر فعال سازی ملی را فعال می کند. با این وجود ، اسکار و هوهنهایم آمستریایی ها را فعال می کند تا با اقدامات متقابل نجات یابند. حرص و آز توسط پدر نابود می شود ، اگرچه پدر در بالای زمین قرار دارد که قهرمانان داستان برای مبارزه با سنگ فلسفه خود با او می جنگند.
آلفونس ، که زره پوش او در آخرین درگیری علیه پدر از بین رفته است ، روح خود را به دست می دهد تا بازوی راست را بدست آورد ، که به نوبه خود سنگ پدر را خراب می کند ، و او را به دروازه اثیری حقیقت ادوارد بازمی گرداند. ادوارد قدرت خود را در انجام کیمیاگری برای بازیابی روح و بدن آلفونس از دست می دهد. هوهنهایم با پوزخندی از تریشا قبر جایی را که می میرد می بیند.
